I de civila organen fattas de avgörande besluten om Natos politik. Den militära delen är underställd de civila organen. Atlantpakten från föreskrev endast att ett gemensamt organ skulle inrättas, Nordatlantiska rådet NAC. Men NAC skulle se till att organisationer och institutioner skapades så att paktens mål kunde uppfyllas. Det är utifrån dessa riktlinjer som dagens Nato med dess många underorganisationer har växt fram. De civila organen har till sin hjälp de en mängd Natokommittéer som genomför utredningar i olika frågor.
De allierades seger över Nazityskland förvandlades snabbt till ett kallt krig mellan västländerna, anförda av USA, och östländerna som kontrollerades av Sovjetunionen. I mars slöt fem länder i Västeuropa Belgien, Frankrike, Luxemburg, Nederländerna och Storbritannien en pakt om gemensamt självförsvar och utökat ekonomiskt samarbete, Brysselpakten. För USA var Brysselpakten ett tecken på att länderna var beredda att gemensamt söka en lösning på sina säkerhetsproblem, vilket var en förutsättning för amerikanskt engagemang i Europas framtida säkerhet. Sovjetunionen uppfattade pakten som ett hot. I slutet av förhandlade Brysselpaktsstaterna med USA:s och Kanadas regeringar om att ta med dessa i ett utvidgat försvarssamarbete. Nordatlantiska fördraget eller Atlantpakten North Atlantic Treaty tog form. Danmark, Island, Italien, Norge samt Portugal inbjöds också att underteckna avtalet.